在史铁生的《秋天的怀念》中，两个“悄悄地”主要说明了以下几点：
母亲对儿子的理解和体谅
母亲希望儿子能够痛痛快快地发泄心中的痛苦，因此选择悄悄地出去，以便不干扰儿子。
母亲不想刺伤儿子脆弱的自尊心，所以她的行为总是尽量轻柔、谨慎。
母亲的细心和周到
母亲在儿子情绪不稳定时，会悄悄地躲出去，偷偷地听儿子的动静，以便了解儿子的状态并及时给予安慰和支持。
母亲在儿子需要时，会悄悄地进来，眼边红红的，看着儿子，表现出对儿子的深深关爱和担忧。
母亲内心的挣扎与煎熬
母亲觉得自己的话可能刺伤了儿子，因此选择悄悄地出去，以避免进一步的冲突和伤害。
母亲可能因为自己的病情而痛苦不堪，但又不想让儿子知道，只能默默地忍受。
母亲的无私和伟大
母亲总是为儿子着想，尽量不给他带来任何麻烦和痛苦，即使在自己遭受巨大痛苦时，依然默默地承受着。
综上所述，两个“悄悄地”在《秋天的怀念》中，主要表达了母亲对儿子的深深理解、无私关爱和内心的挣扎与煎熬。这些描写不仅展现了母爱的伟大与无私，也反映了史铁生对母亲的深切怀念和自责。