《诛仙2》的剧情紧接《诛仙1》，主要围绕主角张小凡的经历展开。在《诛仙1》中，张小凡历经磨难，最终成功报仇雪恨，成为一代传奇。在《诛仙2》中，故事继续发展，张小凡在历经更多艰难险阻后，与鬼王宗的年轻一代展开决战，并在此过程中得知了碧瑶的真相，最终决定放下仇恨，与金瓶儿一起寻找真相。他们最终找到了碧瑶的死因，并成功原谅了她。张小凡最终成为一代传奇，保卫了人间的和平与安宁。
在剧情的设定上，《诛仙2》的时间背景设定在一千年之后，这个世界已经恢复了平静，但暗流涌动。张小凡和陆雪琪等主角以新的姿态再次出现，成为了开创“道无为”这一修仙学府的先驱者。这个学府分为仙修院、仙羽院和仙枢院三大分院，分别对应不同的修仙追求。游戏中巧妙地穿插了许多原著中的经典桥段，比如“碧瑶以身挡剑”的场景。此外，碧瑶在小说中已经死亡，但在游戏中她竟然奇迹般地复活了，尽管失去了记忆，但这份重逢为故事增添了几分温情与期待。
综合来看，《诛仙2》的剧情延续了《诛仙1》的故事线，同时加入了许多新的元素和情节，包括主角们在修仙界的冒险、新的反派出现以及更加复杂的情感纠葛。游戏的时间背景设定在一千年之后，这个世界已经恢复了平静，但主角们再次卷入了一场新的仙侠传奇。