公路工程施工许可证的办理单位主要 取决于项目的级别和类型。以下是具体的办理规定：
重点公路建设项目：
由国家和国务院交通运输主管部门确定的重点公路建设项目的施工许可，由 省级人民政府交通运输主管部门实施。
其他公路建设项目：
其他公路建设项目的施工许可，按照项目管理权限，由 县级以上地方人民政府交通运输主管部门实施。
一般建筑工程：
对于一般建筑工程，施工许可证由建设单位向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请办理。
综上所述，公路工程施工许可证的办理单位主要是交通运输主管部门，具体办理层级取决于项目的级别和类型。建议建设单位在办理施工许可证前，先确认项目类型和管辖权限，然后按照相应的交通运输主管部门的要求进行申请。