《命运石之门0》和第一季《命运石之门》的主要区别如下：
故事情节不同
《命运石之门0》：故事情节按照前、中前、中、中后、后进行，存在“中后”这个部分，而第一季的故事情节则是按照前、中前、中、后四个部分进行，中期以后直接大结局。
《命运石之门》第一季：故事情节按照前、中前、中、后四个部分进行，没有“中后”这个部分，中期以后直接大结局。
涉及的世界线不同
《命运石之门0》：讲述的是β世界线发生的故事。
《命运石之门》第一季：涉及三个世界线，分别是α世界线、β世界线和SG世界线。其中，α世界线是嘟嘟嚕死亡、助手存活，世界被SERN统治建立反乌托邦的未来；β世界线是助手死亡，通向第三次世界大战的未来；SG世界线是所有人都存活的路线，即所谓的命运石之门。
时间线不同
《命运石之门0》：开始时间是2010年8月21日，讲述的是第二次跳跃到β线的故事。
《命运石之门》第一季：开始时间是2010年7月28日，讲述的是从β线跳到α线，然后在红莉栖的帮助下跳到β线后达到SG线的故事。
剧情发展
《命运石之门0》：在剧情中，冈部伦太郎通过时间机器过到过去拯救红莉栖，误杀红莉栖后放弃营救红莉栖，继续β线，并给命运石之门路线留下线索视频，最终使原作的伦太郎成功达到SG线。
《命运石之门》第一季：讲述的是从β线跳到α线，然后在红莉栖的帮助下跳到β线后达到SG线的故事。
总结：
《命运石之门0》和第一季《命运石之门》在故事情节、涉及的世界线、时间线和剧情发展上都有明显的区别。《命运石之门0》主要讲述的是β世界线的故事，并且是作为第一季的平行时间线上的另一条世界线上的故事，而不是第一季的后续。第一季则涉及三个世界线，讲述了从β线跳到α线，再通过红莉栖的帮助跳到β线后达到SG线的故事。