南京个体工商户进行年报的步骤如下：
登录国家企业信用信息公示系统
访问国家企业信用信息公示系统网站。
选择企业信息填表，并确定登记机关所在地。
在新窗口中选择工商联络员登录或电子营业执照登录。
填写年度报告
登录后，选择年度报告填写，并选择对应的年报年度。
根据系统指引填写相关信息，包括企业基本信息、股东及出资信息、主要财务指标等。
如果经营范围涉及前置许可，需要先办理相关审批手续。
提交年度报告
确认所填信息准确无误后，提交年度报告。
系统会自动进行数据校验，如果有错误或遗漏，会进行提示，根据提示进行修改。
修改无误后，提交年度报告。
审核与公示
提交成功后，年度报告将会进行审核。
审核通过后，年度报告将会在规定的时间内进行公示。
建议：
确保在每年的3月1日至6月30日之间完成年报的报备，以避免逾期带来的不利影响。
在填写年度报告时，注意核对各项信息的准确性和完整性，确保无误。
如果对系统操作不熟悉，可以咨询当地工商行政管理部门或通过官方网站获取详细的操作指引。